В 1653 году на открытии нового Мюнхенского оперного театра оркестр Капеллы впервые исполнил оперу Дж.Б.Маццони L'Arpa festante (до этого в его репертуаре была только церковная музыка). В 80-е годы XVII века в новом театре с участием оркестра прозвучало множество опер Агостино Стеффани, бывшего в те годы придворным органистом и «директором камерной музыки» в Мюнхене, а также других итальянских композиторов.
Начиная с 1762 года, впервые в обиход вводится понятие оркестра как самостоятельной единицы. С середины 70-х годов XVIII века начинается регулярная деятельность Придворного оркестра, который исполняет многочисленные оперные премьеры под руководством Андреа Бернаскони. Высоким уровнем оркестра восхищался Моцарт после премьеры оперы «Идоменей» в 1781 году. В 1778 году, с приходом к власти в Мюнхене маннгеймского курфюрста Карла Теодора, состав оркестра пополнился прославленными виртуозами маннгеймской школы. В 1811 году была образована Музыкальная академия, в которую вошли члены Придворного оркестра. С того времени оркестр стал участвовать не только в оперных спектаклях, но и в симфонических концертах. В том же году король Макс I заложил здание Национального театра, который был открыт 12 октября 1818 года.
Во времена правления короля Макса I в обязанности придворного оркестра в равной степени входило исполнение церковной, театральной, камерной и развлекательной (придворной) музыки. При короле Людвиге I в 1836 году оркестр обрел своего первого главного дирижера (General Music Director) — Франца Лахнера.
В период правления короля Людвига II история Баварского оркестра тесно связана с именем Рихарда Вагнера. В период с 1865 по 1870 гг. прозвучали премьеры его опер «Тристан и Изольда», «Нюрнбергские мейстерзингеры» (дирижер Ганс фон Бюлов), «Золото Рейна» и «Валькирия» (дирижер Франц Вюльнер).
Среди дирижерской элиты последних полутора столетий нет ни одного музыканта, кто не выступал бы с оркестром Баварской государственной оперы. Вслед за Францем Лахнером, возглавлявшим коллектив до 1867 года, им руководили Ганс фон Бюлов, Герман Леви, Рихард Штраус, Феликс Моттль, Бруно Вальтер, Ганс Кнаппертсбуш, Клеменс Краус, Георг Шолти, Ференц Фричай, Йозеф Кейльберт, Вольфганг Заваллиш и другие знаменитые дирижеры.
С 1998 по 2006 год главным дирижером оркестра был Зубин Мета, а начиная с сезона 2006–2007 дирижерскую эстафету принял выдающийся американский дирижер Кент НАГАНО. Его деятельность в мюнхенском театре началась с премьерных постановок монооперы современного немецкого композитора В. Рима Das Gehege и оперы Р. Штрауса «Саломея». В дальнейшем маэстро продирижировал таким шедеврами мирового оперного театра, как «Идоменей» Моцарта, «Хованщина» Мусоргского, «Евгений Онегин» Чайковского, «Лоэнгрин», «Парсифаль» и «Тристан и Изольда» Вагнера, «Электра» и «Ариадна на Наксосе» Р. Штрауса, «Воццек» Берга, «Волнения на Таити» Бернстайна, «Билли Бадд» Бриттена, премьерами опер «Алиса в стране чудес» Унсук Чин и «Люби, только люби» Минаса Борбудакиса.
Кент Нагано принимает участие в знаменитом летнем Оперном фестивале в Мюнхене, регулярно выступает с Баварским государственным оркестром в симфонических концертах (в настоящее время Баварский государственный оркестр — единственный в Мюнхене, принимающий участие как в оперных спектаклях, так и в симфонических концертах). Под руководством маэстро Нагано коллектив выступает в городах Германии, Австрии, Венгрии, участвует в стажерских и образовательных программах. Примером тому служат Оперная студия, Академия оркестра, а также Молодежный оркестр ATTACCA.
Кент Нагано продолжает пополнять и богатую дискографию коллектива. В числе последних работ — видеозаписи опер «Алиса в стране чудес» и «Идоменей», а также вышедший на SONY Classical аудиодиск с Четвертой симфонией Брукнера.
Помимо основной деятельности в Баварской опере, Кент Нагано с 2006 года является художественным руководителем Симфонического оркестра Монреаля.
В сезоне 2009–2010 Кент Нагано представляет оперы «Дон Жуан» Моцарта, «Тангейзер» Вагнера, «Диалоги кармелиток» Пуленка и «Молчаливая женщина» Р.Штрауса.
